เป็นที่ทราบกันโดยทั่วไปว่าจุลินทรีย์มีบทบาทที่สำคัญต่อระบบนิเวศ รวมทั้งร่างกายมนุษย์และสัตว์ การศึกษาความหลากหลายและความสามารถในการดำเนินปฏิกิริยาเมแทบอลิซึมต่างๆ (Metabolic potential) ของจุลินทรีย์ จึงมีความสำคัญต่อการศึกษาทางนิเวศวิทยา ด้วยความก้าวหน้าของเทคโนโลยี High-throughput sequencing และการวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศ เทคนิค Shotgun sequencing จึงเป็นอีกหนึ่งเครื่องมือที่สร้างองค์ความรู้สำคัญอันจะนำไปสู่ความเข้าใจการตอบสนองและหน้าที่ทางนิเวศวิทยาและของจุลินทรีย์ภายใต้สภาวะแวดล้อมต่างๆ
